Tokyo Saints est une succession de moments suivant et précédant le suicide énigmatique de Rin, l'ancienne compagne tokyoïte du narrateur. Malgré cet élément déclencheur annoncé dès la première page, l'histoire ne versera jamais dans la mélancolie : Chou et Kana, les deux autres personnages désignés entourant notre protagoniste, seront les premières à empêcher cela. Le livre se déroule presque exclusivement à Tokyo et présente au travers d'une intrigue moderne les diversités de la culture japonaise.