Paul, un jeune homme ayant passé toute son enfance dans un pensionnat catholique au Salvador et qui se destine à la prêtrise, vient poursuivre des études de sciences à l’université du Languedoc en attendant de pouvoir entrer au séminaire. Pour financer sa scolarité, il fait office de secrétaire particulier auprès du père Faulis. Ce vieux curé de campagne érudit, passionné par les guerres de religion, appartient au même "courant réformateur" que le directeur du pensionnat salvadorien. Faulis a entrepris la traduction d’un manuscrit du seizième siècle, rédigé quatre cents ans plus tôt par l’un de ses prédécesseurs. L’ouvrage rassemble différents témoignages des gens de la région que l’ancien curé, Philibert de Tulie, a recueilli à l’issue des guerres de religion. Cependant, Paul et Faulis s’aperçoivent rapidement que Tulie a payé de sa vie la découverte d’un secret beaucoup plus gênant pour l’Eglise que les récits de ses paroissiens. Mais quel est ce secret? L’ancien curé, par crainte de voir ce dernier tomber entre de mauvaises mains, a laissé à ses lecteurs un énigmatique questionnaire qui doit permettre à "ceux qui pensent comme lui" de le découvrir.
Paul se lance à corps perdu dans une quête qui va mettre en péril son attachement à l’Eglise et les vœux qu’il se prépare à prononcer. En remuant le passé, le jeune homme exhume aussi sa propre histoire, une histoire qui bouleverse toutes ses certitudes et remet en question tous ses projets.