À dix-sept ans, Benjamin, violoniste talentueux, ambitionne de devenir instrumentiste quand un accident de la route vient briser tout net ses espérances. Devenu paraplégique, il doit réapprendre à vivre sans ses jambes et faire face aux contraintes de son nouvel état.

C’est aux Épicéas, un centre de rééducation de la banlieue grenobloise, que Benjamin fait la connaissance d’Élise, une adolescente dynamique, et de Léopold, jeune homme à l’humour cynique, deux patients aussi malmenés que lui par la vie. Grâce à l’amitié de la première et l’amour du second, mais aussi la musique, Benjamin entame son long chemin vers la guérison. Alors qu’il recommence à prendre goût à l’existence, d’étranges phénomènes se produisent, qui menacent de le faire basculer dans la folie...

Au-delà d’une romance entre deux garçons, Aux petites heures de la nuit est le récit d’une reconstruction, teintée de mystère, d’humour et, bien sûr, de musique.